滤桶的作用主要是以物理过滤为主的，所以在滤材的选择上也要有选择。滤桶内常用的滤材有两种:一种是负责滤棉、细棉、白棉、生化棉的物理过滤；二、负责各种滤料的生化过滤、陶瓷环、菌房、生化球等。此外，还有一种辅助性的滤材，如活性炭，用来吸收滤材中的异味。滤材的放置顺序由水流方向决定，滤桶的过滤形式有两种，一种是水流经过滤后逐层进入滤桶，然后由水泵通过管道进入滤桶底部排出清水。另一种是淡水先进入过滤桶底部，过滤后的水通过水泵的吸力泵入出水口排出。
根据水流方向，滤材按如下顺序排列:过滤棉+滤料+辅助滤材，或过滤棉+辅助滤料+滤材，总之，过滤棉始终放在首位，防止鱼等杂质进入滤桶。